Der ehemalige CIA-Killer Jason Bourne (Matt Damon) ist mit seiner Freundin Marie (Franka Potente) nach Indien geflohen, wo er ein ruhiges Leben führt. Aber dabei bleibt es nicht, weil ein mysteriöser Killer ein CIA-Team in Berlin tötet und ausgerechnet Bournes Fingerabdruck am Tatort platziert. Da Bourne unklare Erinnerungsfetzen an einen Mord in Berlin hat und Pamela Landy (Joan Allen), die Verantwortliche für den verpatzten CIA-Einsatz, den Fingerabdruck inzwischen mit ihm in Verbindung bringen kann, kommt der ehemalige CIA-Killer aus seinem indischen Schlupfwinkel heraus, um der Sache nachzugehen. Dabei kommt er nicht nur einem verzweigten Komplott auf die Spur, das mit seiner Vergangenheit zu tun hat, er muss sich auch gegen die erbarmungslose Jagd des CIA sowie russischer Kräfte zur Wehr setzen.