Ein Mann (Matt Damon) wird ohne Erinnerungsvermögen und mit schweren Schussverletzungen im Mittelmeer gefunden. Der Mann ohne Identität findet schließlich heraus, dass er Jason Bourne heißt und für die CIA gearbeitet hat. Diese hat jedoch Killer auf ihn gehetzt, was er sich nicht recht erklären kann. Ein Laserimplantat in seinem Rücken enthält den Verweis auf ein Schweizer Bankkonto. Auf diesem Konto findet er eine große Menge Geld, mehrere internationale Ausweise und einen Revolver. Gleichzeitig macht er Bekanntschaft mit der schönen Deutschen Marie Kreutz (Franka Potente). Für beide beginnt eine wilde Verfolgungsjagd durch Europa. Während Bourne von seinen eigenen Leuten gejagt wird, verliebt er sich in Marie. Aber erst wenn das Rätsel um seine Identität vollends gelöst ist, kann er versuchen, ein normales Leben zu führen – Sofern die Umstände das zulassen...