Kommandochef Jim Phelps (Jon Voight) und seine Crew erhalten den Auftrag, eine gestohlene Diskette wieder zu beschaffen, die alle Codenamen der aktiven US-Spione enthält. Nicht auszudenken, was passiert, wenn diese in falsche Hände gerät! Der Agent Ethan Hunt (Tom Cruise) ist Teil des Sonderkommandos, welches in Prag die Mission unter absoluter Geheimhaltung durchführen soll. Er muss miterleben, wie die Crew plötzlich in einen Hinterhalt gerät und alle außer ihm und Phelps Frau Claire (Emmanuelle Beart) ums Leben kommen. Eine Hetzjagd beginnt, als Hunt plötzlich in Verdacht gerät, selbst der Maulwurf zu sein und den Tod des Teams verschuldet zu haben. Er muss sich nun beeilen, um seine Unschuld zu beweisen und die wahren Täter ausfindig zu machen...